Šumavu lze rozdělit do těchto geomorfologických celků.

Šumavské pláně

Plochý nebo jen mírně zvlněný povrch Šumavských plání představuje vyzdvižený zhruba 55 km dlouhý a 16-20 km široký zbytek starého denudačního reliéfu, který se zachoval v centrální části pohoří, kam dosud nepostoupila zpětná eroze vodních toků, oživená zdvihem pohoří. Ploché horské hřbety zde přecházejí pozvolnými svahy v mělké deprese nebo široká údolí svrchnokřídových a terciérních toků, často vyplněná hlubokými rašeliništi jako Jezerní slať, Chalupská slať aj. Nad zarovnaný povrch Plání vystupují jen mírně klenuté kupy nejvyšších vrcholů s výškami přes 1200 m. Celková plocha Šumavských plání je 670 km2, nejvyšší výška dosahuje 1375 m (nejvyšší pojmenovaný bod je Velká Mokrůvka, 1370 m), nejnižší 565 m, převládá výšková členitost 200-500 m, střední nadmořská výška je 979,8 m. Šumavské pláně se člení na další geomorfologické celky, z nichž největší jsou Kvildské pláně (v pramenné oblasti Vltavy a Vydry) o průměrné výšce 1000-1100 m. Nejvyšších výšek dosahují Blatný vrch 1367 m, Špičník 1351 m, Hraniční hora 1233 m, Malá Mokrůvka 1330 m, Černá hora 1315 m, Stráž 1308 m, Mrtvý vrch 1254 m, Vysoký stolec 1251 m, Tetřev 1260 m a Sokol 1253 m. Dalšími význačnými vrcholy jsou Studená hora 1302 m, Medvědí hora 1224 m, Oblík 1225 m, Poledník 1315 m a Skalka 1238 m.

Zalesněná jižní část Kvildských plání bývá někdy označována jako Modravská pláň. Jihovýchodní část Šumavských plání, přesahující hranici s Německem je nazývána Knížecími pláněmi. Nejvyšších vrcholů dosahují Polecký vrch 1121 m, Polední vrch 1053 m, Strážný 1115 m a Žlíbský vrch 1133 m. Severní výběžek Šumavských plání zabírá 10 km dlouhý hřbet Javornické hornatiny, s nejvyšším vrcholem Javorníkem, který dosahuje 1086 m. Sousední Královský kámen dosahuje výšky 1059 m a severozápadně ležící Ždanov 1065 m. Zbylými celky Šumavských plání jsou Svojšská hornatina v jižním okolí Rejštejna a Kochánovské pláně v pramenné oblasti Křemelné.

Železnorudská hornatina

Horské hřbety vybíhající ze Šumavských plání k severozápadu a jihovýchodu se vyznačují již větší reliéfovou energií. Severozápadním směrem se prostírá několik samostatných horských skupin, skládajících členitou Železnorudskou hornatinu, jejíž celková plocha měří 200 km2. Nejvyšším bodem je Jezerní hora 1343 m, nejnižší místo je v údolí Úhlavy po výtoku z údolní nádrže Nýrsko v nadmořské výšce 470 m, což je zároveň nejnižším místem celé Šumavy. Východní část Železnorudské hornatiny zabírá poledníkovým směrem protažený Pancířský hřbet. V jeho severní části vystupuje nad Klatovskou kotlinou Prenet do výšky 1071 m, jižněji nejvyšší Můstek dosahuje 1234 m a vlastní vyhlídkový Pancíř 1214 m. Železnorudská kotlina protékaná Řeznou a údolí horní Úhlavy oddělují na západě svorový Královský hvozd s nejvyšší Jezerní horou 1343 m, do níž jsou zahloubené dva ledovcové kary s Černým a Čertovým jezerem.

Černé jezero leží pod jihovýchodním svahem Jezerní stěny, 6 km severozápadně od Železné Rudy, v nadmořské výšce 1008 m. Je největším, nejhlubším a nejníže položeným jezerem na české straně Šumavy, v karu zahloubeném do svoru a otevřeném na severovýchod. Rozloha jezera činí 18,43 ha, obvod hladiny 1809 m a maximální hloubka dosahuje 40,5 m. Společně s Čertovým jezerem vytváří 150 ha velkou národní přírodní rezervaci, jež slouží k ochraně karů jezer, vzácné fauny i flóry, jejich lesních porostů a vegetace. Byla vyhlášena již v roce 1911.

Rozlohou 10,33 ha se řadí Čertovo jezero hned na druhé místo co do velikosti. Leží v nadmořské výšce 1030 m na jihovýchodním svahu Jezerní stěny pod 313 m vysokou karovou stěnou, která není tak výrazná jako u jezera Černého. Obě jezera se nacházejí poměrně blízko sebe, a přece je rozděluje evropské rozvodí. Znamená to, že voda z Černého jezera odtéká Černým potokem do Úhlavy a dále do Severního moře, kdežto Jezerní potok z Čertova jezera odtéká do Černého moře. Maximální délka jezera je asi 250 m, šířka 150 m, obvod hladiny 1363 m a maximální hloubka je 37 m.

Příčný hřbet Špičáku 1202 m, spojuje přes 974 m vysoké sedlo Královský hvozd s Pancířským hřbetem. Při naší hranici, 6 km jižně od Hojsovy Stráže, dosahuje Svaroh 1334 m, severněji se zvedá Velký Kokrháč 1168 m a dvouhrbý Ostrý 1280 m, považovaný za nejhezčí horu Šumavy a Lomničky 1026 m. Jihovýchodně od Železné Rudy se prostírá Debrnická hornatina s nejvyšším vrcholem Debrníkem 1336 m a o málo nižšími Ždánidly 1308 m jihozápadně od Prášil. V severozápadní části hřbetu dosahuje nejvyšší výšky zalesněný Polom 1295 m a nad Gerlovou Hutí vystupující Tok 1023 m.

Prášilské jezero leží na východním výběžku hory Poledníka v nadmořské výšce 1080 m. Jezerní pánev má tvar obráceného kužele s vrcholem posunutým k jezerní stěně. Je hrazeno 9 m vysokým valem žulových hranáčů a dvěma staršími morénovými valy v předpolí, které ukazují na jeho vznik. Jeho ledovcový původ dokazuje 150 m vysoká karová stěna se skalními sruby a kamennými moři. Jeho rozloha činí 3,72 ha, délka 280 m, šířka 180 m, obvod 730 m a maximální hloubka dosahuje 14,9 m.

Trojmezenská hornatina

Vybíhá z Plání jihovýchodním směrem až k Vyšebrodskému průsmyku. Celkový rozsah této ploché hornatiny, rozdělené na naší straně zálivem Lipenské údolní nádrže ve dvě části, je 360 km2. Převládající výšková členitost je 200-600 m. Největší výšky dosahuje Plechý 1378 m. Nejnižší místo leží v nadmořské výšce 560 m.

Příčným zprohýbáním horského hřbetu a erozní činností vodních toků vzniklo několik samostatných geomorfologických celků Trojmezenské hornatiny. Stráženská (Kunžvartská) kotlina, s rozsáhlou slatinou o nadmořské výšce 880 m, odděluje od Knížecích plání více než 900 m vysoký Radvanovický hřbet. Jižně od Českých Žlebů se vypíná Žlebský vrch do výšky 1080 m a nad Stožeckou kotlinou, kterou protéká Studená Vltava, dosahuje Stožec 1065 m. Centrální částí Trojmezenské hornatiny je členitá žulová Plešská hornatina, s nejvyšším vrcholem na české straně Šumavy, Plechým 1378 m a stejnojmenným jezerem na severovýchodním svahu. Také další vrcholy na státní hranici patří k nejvyšším na Šumavě. Jsou to Trojmezná 1361 m, Třístoličník 1312 m, Hraničník 1282 m a Smrčina 1332 m. Mezi Smrčinou a Pestřickým vrchem 842 m, přechází snížený hřbet Šumavy Schwarzenberský plavební kanál. Severně od Jezerního potoka, v Jeleních vrších, jsou nejvyšší Jelenská skála 1068 m a Perník 1049 m se zajímavými tvary zvětrávání a odnosu místní žuly. Širší okolí Nové Pece zaujímá Novopecká kotlina, lemovaná členitou vrchovinou. Na jejím severu dosahuje Hajný vrch 826 m, na jihu Šešovec 899 m a Lhotský vrch 884 m. Jižní část Trojmezenské hornatiny patří ploché žulové Vítkokamenské hornatině s nejvyšším Vítkovým kamenem, dosahujícím 1053 m. Příčná Výtoňská kotlina odděluje Lučskou hornatinu s Hvězdnou 1012 m, Jezevčím vrchem 984 m, Kamennou 938 m a dalšími vrcholy přesahujícími 900 m. Nad Lipnem ve svorové oblasti dosahuje Kaliště 993 m a severně od kaňonovitého údolí Vltavy, naproti Čertově stěně, se vypíná na levém břehu řeky Luč 993 m, s mohutným žulovým balvanovým mořem a soliflukčními sutěmi na jižním svahu.

Boubínská hornatina

Je nejvyšším celkem vnitřního pásma Šumavy. Tato rulová hornatina je od Šumavských plání na západě oddělena údolím Arnoštského a Kubohuťského potoka a na jihu se výrazně zvedá nad Vltavickou brázdou, která do ní vniká několika hlubokými výběžky.

Téměř zcela zalesněná a jen málo osídlená členitá Boubínská hornatina je nejmenším šumavským celkem, který měří 126 km2. Nejvyšším vrcholem je Boubín 1362 m, čtvrtý nejvyšší vrchol na české straně Šumavy se známým pralesem na jihovýchodním svahu  

Vedle Boubína přesahuje výšku 1200 m ještě v jižní části hornatiny Bobík 1264 m s charakteristickou siluetou vrcholové části. Severnější Malý Bobík dosahuje 1037 m a sousední Solovec 1154 m. Na západě, nad výběžkem Vltavické brázdy se zvedá Červený vrch 1199 m a východně od něho Zátoňská hora 1033 m. Na jihu Boubínské hornatiny je nejvyšší Jedlová hora 1088 m a na severu hornatiny Kupa 1044 m.

Želnavská hornatina

Zalesněná Želnavská hornatina tvoří vysokou náhorní plošinu s nejvyššími vrcholy Lysou 1228 m, Knížecím stolcem 1226 m a Špičákem 1221 m. Na východě je plošina rozčleněna v mocné rozsohy, Ostrou horu 1216 m, Chlum 1191 m, Vlčí kámen a další. Orograficky možno území označit jako plochou hornatinu, k jejíž rozmanitosti přispívají četná skaliska. Proti sousedním orografickým celkům je Želnavská hornatina ohraničena poměrně výrazně. Od Českokrumlovské vrchoviny na východě ji odděluje tektonický prolom severojižního směru, který je pokračováním lhenické brázdy, proti Boubínské hornatině na západě ji ohraničuje kotlina Volarská, která je výběžkem vodou zalité Vltavické brázdy, se kterou sousedí Želnavská hornatina na jihu. Celková plocha Želnavské hornatiny činí 179 km2. Nejvyšší výšky dosahuje Lysá 1228 m, nejnižší místo leží v nadmořské výšce 693 m.

Vltavická brázda

Vltavická brázda je přirozeným dělítkem mezi jihovýchodním pohraničním pásmem a vnitrozemským pásmem Šumavy. Je to nápadný povrchový útvar, podivuhodně přímé, vysoko položené hluboké, ale rozevřené údolí, pravděpodobně křídového stáří, 2-4 km široké a téměř 45 km dlouhé, se širokou údolní nivou vyplněnou rašeliništi (dnes z velké části zatopenou vodami údolní nádrže Lipno). Celková plocha Vltavické brázdy měří 136 km2 a jejím největším vrcholem je Želnavský vrch 815 m. Nejnižší výška je 711 m. Nejsevernějším a zároveň nejzápadnějším místem je Horní Vltavice, nejjižnějším a nejvýchodnějším místem je Předmostí.

Vltavickou brázdu možno rozdělit do tří částí. Severozápadní část (mezi Horní Vltavicí a Mrtvým luhem) je nejsložitější, skládá se z několika ramen, jimiž vtékají do brázdy přítoky Teplé Vltavy, která zde teče ve výšce asi 750 m. Od ní se zvedají vpravo i vlevo údolní svahy do výšek kolem 800 m. Ve střední části Vltavické brázdy (úsek od rašeliniště Mrtvého luhu po Horní Planou) klesá tok Vltavy na 730 m. U Perneku dosahují pak oba údolní svahy Vltavické brázdy přibližně stejné výšky. Jihovýchodní část Vltavické brázdy je nejširší a vody Lipenské údolní nádrže se zde rozlévají téměř po celé její ploše. Podél levého břehu nádrže není již vysoké pohoří, nýbrž jen výběžky nižší Českokrumlovské vrchoviny (výšky kolem 800 m.)

Podnebí Šumavy patří k středoevropskému středohorskému typu. Podle klimatického členění náleží většina Šumavy do chladné oblasti, pouze údolí Vltavy od Lenory, jižní svahy Želnavské hornatiny a některé části šumavského podhůří do mírně teplé oblasti. Podnebí Šumavy má přechodný ráz mezi klimatem oceánickým (přímořským) a kontinentálním (vnitrozemským), tj. má poměrně malé roční výkyvy teploty a poměrně vysoké srážky se stejnoměrným rozložením během celého roku.

Teplota. Centrální část Šumavy patří k nejchladnějším oblastem jižních Čech. V inverzních polohách horního toku Vltavy, ve výškách kolem 1050-1110 m, činí průměrná teplota kolem 3,0°C. Nejchladnějším měsícem roku je na Šumavě leden s průměrem -5,0°C ve výšce kolem 1100 m. Pod -6,0°C klesají průměry lednové teploty až ve výšce 1350 m. Ve výškách kolem 750 m převládá lednový průměr kolem -4°C. Zima, tj. dny, kdy průměrná teplota je nižší nebo se rovná 0,0°C, začíná na Šumavě obvykle již koncem října a končí až koncem března nebo začátkem dubna (čím vyšší poloha, tím dřívější začátek a pozdější konec). V nejvyšší části Šumavy trvá zima téměř 5 měsíců. Období, kdy se vyskytují mrazíky, je však až o dva měsíce delší. Datum nástupu teplot jarní vegetace, tj. denních průměrů 5,0°C je na Šumavě opožděno, neboť značné množství tepla se spotřebuje na tání sněhu, který zde dosahuje často i více než metrové pokrývky. Zatímco na Českobudějovicku v dubnu vystupují denní průměry nad 10,0°C, na Šumavě nastupují tyto teploty kolem 20. května až začátkem června. Po zmíněném vzestupu teploty v červnu vrcholí letní období denními průměry 12,0°C-14,0°C mezi 20.-30.červencem. Potom teplota opět klesá, rychleji než byl vzestup na jaře. V památném roce 1929, kdy 11.února poklesla teplota v Českých Budějovicích až na -42,2°C, bylo na Pancíři naměřeno -31,2°C. Hodnoty 31,0°C-32,0°C tvoří krajní meze, jichž může teplota ve vrcholové části Šumavy dosáhnout.

Srážky. Šumava je návětřím proti převládajícím jihozápadním vzdušným proudům, zejména v zimní době, čehož důsledkem je především dosti stejnoměrné rozdělení srážek v průběhu celého roku. Jarních srážek spadne v nejvyšších polohách Šumavy přibližně 20%, letních kolem 30% a podzimních asi 24%. Zimní čtvrtina z celoročního množství srážek zde spadne výhradně v podobě sněhu. Rovněž i srážky listopadové, většina srážek březnových a část srážek v měsících říjnu a dubnu spadne ve vrcholové části Šumavy a v údolích a kotlinách nad 900 m v podobě sněhu. Celkem je na Šumavě 50-70 dní se sněžením, pravděpodobnost, že bude padat sníh, je však v dlouhodobém průměru v nejvyšších polohách asi 200 dní v roce a v podhůří kolem 180 dní. Průměrný počet dní se sněhovou pokrývkou činí na Šumavě 120-150 dní. Průměrná výška sněhové pokrývky se zde pohybuje mezi 60-100 cm. Sníh tvoří jednak zásobu vláhy pro prameny řek a potoků na jaře a v létě, jednak působí jako silná brzda pro nástup jarních teplot v těchto končinách (7.února 1909 dosáhla výška sněhové pokrývky na Kvildě téměř 2 m). Sníh smíšený s deštěm bývá pozorován na Šumavě za chladných a deštivých let i v letním období (v roce 1901 sněžilo na Březníku již 29.srpna).

Porovnáme-li sněhové poměry vysokých poloh Šumavy s poměry stejně vysokých poloh Krkonoš nebo Jizerských hor, zjistíme, že Šumava má přece jen sněhu méně a je teplejší než uvedená pohoří. Příčina spočívá v tom, že při jihozápadním proudění se uplatňuje fénový vliv poměrně blízkých Alp (sestupem z Alp se vzduch na závětrném svahu ohřívá a vysušuje). Fénový vliv Alp snižuje i vydatnost srážek teplé poloviny roku, takže celkové průměrné roční množství srážek na Šumavě je nižší. Nejdeštivějším měsícem v centrální části Šumavy je červenec s průměrem 10-11% všech ročních srážek, nejsušším je březen s 8-9% ročních srážek. Průměrně je v nejvyšších šumavských polohách celkem 170-190 srážkových dní v roce (dne 1.listopadu 1920 napršelo ve Zvonkové za 24 hodin 159,3 mm srážek).

Prameniště Vltavy, největší české řeky (430 km), se nachází v rašeliništích na východním svahu Černé hory (1315 m. n.m.) u bývalé osady Bučina v nadmořské výšce 1172 m. V lesním šeru je zde možno zahlédnout vyvěrající pramen, který je považován za místo zrodu královny našich řek. Drobný potůček zakrátko přijímá několik dalších vlásečnic, které se mění na Černý potok, tekoucí v hlubokém údolí severním směrem ke Kvildě. Náhle se potok obrací vpravo a spojuje se s Kvildským potokem tekoucím od Jezerní slatiny a zde je místo vzniku Teplé Vltavy. Začíná právě u můstku pod Kvildou, v nadmořské výšce 1050 m n. m. Silnější horský potok si pod Kvildou proráží cestu úzkým skalnatým údolím, kterým také vede silnička k Borové Ladě. Nad Františkovem přibírá Teplá Vltava zleva větší potok Olšinku a v Borové Ladě pak zprava Malou Vltavu (Vltavský potok). Dno je v horním úseku kamenité až balvanité, v rovných úsecích s písčitými nánosy. Celé uvedené území leží v Šumavském národním parku. U Smolné Pece se stéká v nadmořské výšce 730 m Teplá se Studenou Vltavou. Řeka se dál už jmenuje jen Vltava.

Od soutoku už řeka nese svůj oficiální název. Je to kraj plný potoků, údolí, roklí, mezi nimiž obdivuhodně kličkuje Schwarzenberský kanál. U nedalekého Třístoličníku (1302 m n. m.) a Trojmezné (1361 m n. m.) leží i tajemné Plešné jezero. Severovýchodní svah Plechého (1378 m n. m.) se kolmo propadá jezerní stěnou do nadmořské výšky 1089 m a pokračuje ještě dalších 8 m pod vodní hladinou. Z doby würmského zalednění se nám dochovalo 7,5 ha jezero, které bývá i pět měsíců pod ledem. Má eliptický tvar, protáhlý ve směru severovýchod-jihozápad o délce 520 m a šířce 180 m. Obvod jezera je 1242 m, průměrná hloubka této jezerní pánve činí 8,24 m a její maximální hloubka je v přední části 18,3 m. Průhlednost jezerní vody se pohybuje kolem 3,5 m. Plešné jezero je jezerem smíšeného typu, tj. karové (hloubené) a hrazené morénou (ta je dobře patrná pod jezerem, kde val nakupených neopracovaných žulových balvanů vytváří rozsáhlé kamenné moře, dosahující výšky až 40 m). Jezero je odvodňováno 0,9 km dlouhým Jezerním potokem zapojeným do Schwarzenberského plavebního kanálu. Schwarzenberský kanál je jednou z nejpodivuhodnějších vodních staveb konce 18. a počátku 19.století. Projektantem kanálu, který prakticky umožnil hospodářské využití lesního bohatství z nepřístupných šumavských porostů, byl ing. Josef Rosenauer (1735-1804). Svůj plán na zpřístupnění pralesů v revírech Želnava a Stožec předložil majiteli panství Janovi ze Schwarzenbergu roku 1774. V příštích dvou letech vypracoval podrobný plán a rozpočet, avšak nepodařilo se mu pro svou myšlenku získat důvěru u nadřízených knížecích úřadů. Po několikerých odkladech se začalo pod Rosenauerovým dohledem se stavbou plavebního kanálu na jaře 1789 a první zkušební plavba na prvním úseku byla provedena roku 1791. Rosenauerovi se tak podařilo spojit povodí Vltavy s povodím Dunaje a hlavnímu městu monarchie bylo zajištěno zásobování potřebným palivovým a stavebním dřívím. Druhá část kanálu od Jeleního potoka až k bavorským hranicím pod Třístoličníkem včetně 419 m dlouhého tunelu nad Jelením byla postavena v letech 1821-1822 rovněž podle Rosenauerova projektu. Celý kanál byl původně 45 km dlouhý. Během doby byly na něm provedeny různé úpravy, zastavila se doprava do Rakouska, avšak část kanálu slouží ještě dodnes.

Vltava teče dále směrem na východ a u Nové Pece se její tok rozlévá do širokého a dlouhého přehradního jezera. Vltavské údolí bylo ve svém nejužším místě pod obcí Lipno spoutáno kamennou hrází a tak vznikla naše největší přehrada v České republice o výměře 4870 ha (12.000 akrů) - Údolní nádrž Lipno.

Jezero je právem nazýváno jihočeským mořem. Jedná se o největší vodní plochu v České republice. Plocha hladiny Lipenské údolní nádrže je při nejvyšším vzdutí 48700 km2, délka v podélné ose nádrže je 48 km. Obvod nádrže na kótě 726,00 m je udáván 118 km, z toho levý břeh 68 km a pravý břeh 50 km. V místě největší šířky u Černé v Pošumaví činí vzdálenost obou břehů 10 km. Lipenská nádrž je poměrně mělká, její průměrná hloubka je 6,5 m, maximální hloubka dosahuje 21,5 m. Nádrž shromažďuje vodu z povodí o celkové ploše 950,56 km2.

Lesy jsou nejtypičtější rostlinnou formací, pokrývající táhlé šumavské hřebeny a vrcholky hor i nižších kopců. Vystupují až do nejvyšších poloh a sestupují i hluboko do údolí. Šumava je svými lesy proslulá. Vždyť i její jméno souvisí s touto krajinotvornou formací. V srbském jazyce slovo "šuma" znamená les a jméno Šumava souvisí s dávným praslovanským názvem lesnatého pohoří.

Severozápadní část je pokryta rozsáhlým pohraničním Královský hvozdem. Lesy porůstají pohraniční hřebeny, spadající poměrně prudce do severovýchodního podhůří. Směrem k jihovýchodu přechází Královský hvozd plynule v rozsáhlou a vysoko položenou náhorní plošinu, vlhkou a pokrytou četnými rašeliništi a odvodňovanou k severu tokem Vydry a k jihovýchodu Teplou Vltavou. Zde je největší souvislý komplex tzv. Šumavských plání, pokrytých smrkovým hlubokým lesem, vzbuzujícím místy představy o severské tajze. Dále na jihovýchod protéká Vltava postupně se rozšiřujícím, poměrně plochým údolím a rozděluje šumavské hvozdy na vnitrozemské a pohraniční. Z vnitrozemských, od Vltavy na severovýchod, je nejvýznamnější Boubínský komplex a jihovýchodně od něj ležící komplex Knížecího stolce a Lysé. Jihozápadně od Vltavy pokrývá rozsáhlý hvozd pohraniční hřebeny Trojmezného pohoří a přechází na Smrčinu. Severovýchodně od Lipenské nádrže směrem k Českému Krumlovu jsou lesy roztříštěné do menších celků, jižně od údolní nádrže stojí za zmínku poměrně rozsáhlý celek lesů bývalého Svatotomášského polesí, pokrývající horskou skupinu Vítkova Kamene.

Nejtypičtější dřevinou šumavských lesů je smrk. Je původní dřevinou v celé oblasti Šumavy. Daří se mu všude dobře, velmi dobře přirůstá a poskytuje cenné dřevařské sortimenty. Nejproslulejší z nich je tzv. rezonanční dřevo, používané k výrobě hudebních nástrojů. Další, dříve poměrně hojná jehličnatá dřevina, jedle je na Šumavě stejně jako v celé střední Evropě stále vzácnější. Dříve jedle tvořila stálou příměs smíšených porostů tzv. hercynské směsi (smrk, jedle, buk), které byly považované za typické přirozené porosty, pokrývající hory střední Evropy. Další jehličnatou dřevinou je borovice lesní. Je dnes daleko hojnější, než byla původně. Je převládající dřevinou především v bývalých selských lesích. Její značné rozšíření je způsobeno hlavně velmi jednoduchou obnovou (semeno vyklíčí kdekoliv a semenáčky nejsou náročné na půdu ani na ošetřování) a minimální požadavky na pěstební péči. Borovice se však vyskytuje i ve vyšších polohách jako jednotlivá příměs ve smrkových porostech. Při okrajích porostů, na slunných a větrných místech se uplatňuje modřín. Nejobecnější listnatou dřevinou přirozených i kulturních šumavských lesů je buk.

Nejhodnotnější části Chráněné krajinné oblasti Šumava v sobě zahrnuje Národní park Šumava. Byl vyhlášen v roce 1991 a má rozlohu 690 km2. Jeho vzácné lokality jsou rozděleny do tří ochranných zón. V první zóně se nacházejí nejvzácnější lokality, často nepřístupné návštěvníkům. Jde zejména o největší zásobárny vody ve střední Evropě-šumavské slatě, prameniště řady řek spadajících Dunajem do povodí Černého moře a Vltavou i Otavou do Severního moře.

Národní park je rovněž specifický i složením fauny a flóry. Z přírodního bohatství kromě celé řady vzácné květeny je zajímavý zejména výskyt horských klimaxových smrčin ve vyšších oblastech.